Pendirian IAIN Salatiga bermula dari Fakultas Ilmu Pendidikan (FIP) Institut Keguruan dan Ilmu Pendidikan (IKIP) “Nahdlatul Ulama” di Salatiga. Setelah dilakukan peninjauan oleh Tim Peninjau yang dibentuk IAIN Sunan Kalijaga, akhirnya pembinaan dan pengawasannya diserahkan kepada IAIN Walisongo Semarang sebagai Fakultas Tarbiyah IAIN Walisongo di Salatiga. Berdasarkan Keputusan Presiden Republik Indonesia Nomor 11 Tahun 1997, tanggal 21 Maret 1997, Fakultas Tarbiyah IAIN Walisongo Salatiga beralih status menjadi Sekolah Tinggi Agama Islam (STAIN) Salatiga. Berdasarkan keputusan itu, STAIN Salatiga diakui secara formal sebagai salah satu perguruan tinggi dibawah Departemen Agama Republik Indonesia (sekarang Kemenag) yang berhak menyelenggarakan pendidikan akademik dan/atau profesional dalam disiplin ilmu agama Islam. Kewenangan STAIN Salatiga pada waktu itu hanya menyelenggarakan disiplin ilmu Pendidikan Agama Islam sebagai rumpun keilmuan yang utama di bawah Jurusan Tarbiyah.
Seiring dengan perubahan waktu, STAIN Salatiga semakin serius menambah program studi baru, sebagai persiapan alih status menjadi IAIN. Pada tahun 2013, STAIN Salatiga mengajukan beberapa program studi baru, dan program studi baru yang disetujui adalah program studi Ilmu Al-Qur’an dan Tafsir (IAT), Sejarah dan Kebudayaan Islam (SKI) yang sekarang menjadi Sejarah Peradaban Islam (SPI), Komunikasi dan Penyiaran Islam (KPI), serta Pendidikan Guru Raudlatul Athfal (PGRA). Pada tahun 2014, disetujui program studi baru lagi yaitu Program Studi Tadris Ilmu Pengetahuan Alam (IPA), Tadris Matematika, Bahasa dan Sastra Arab (BSA), Ilmu Hadis (IH), Filsafat Islam yang sekarang menjadi Aqidah dan Filsafat Islam (AFI), Ekonomi Syariah, dan Hukum Tata Negara Islam (HTNI). Pengelolaan program studi baru di luar kependidikan di bawah manajemen Jurusan Syari’ah, sementara program studi baru di bidang pendidikan atau tadris di bawah manajemen Jurusan Tarbiyah.
Dengan bertambahnya program studi yang semakin variatif, menjadi modal penting dalam pembentukan dan penataan di tingkat Fakultas.Setelah perubahan alih status dari STAIN menjadi IAIN berdasar Perpres No. 143 Tahun 2014, IAIN Salatiga mempunyai 5 (lima) fakultas yakni Fakultas Tarbiyah dan Ilmu Keguruan, Fakultas Syari’ah, Fakultas Ekonomi dan Bisnis Islam, Fakultas Ushuludin, Adab dan Humaniora, serta Fakultas Dakwah. Seluruh program studi di bawah kewenangan Jurusan Tarbiyah dan Jurusan Syari’ah selanjutnya ditata ulang sesuai dengan keberadaan lima fakultas tersebut. Embrio Fakultas Ekonomi dan Bisnis Islam dan Fakultas Ushuluddin berasal dari Jurusan Syari’ah, yang pada waktu itu Jurusan Syari’ah dan Ekonomi Islam.
Fakultas Ekonomi dan Bisnis Islam diawali dengan Jurusan Syariah Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri Salatiga dengan Program Studi Perbankan Syariah (S1 dan D3). Dengan adanya Peraturan Presiden RI No. 143 Tahun 2014 tentang perubahan Sekolah Tinggi Islam Negeri menjadi Institut Agama Islam Negeri Salatiga, maka Program Studi Perbankan Syariah (S1 dan D3) memisahkan diri dari Jurusan Syariah dan membentuk Fakultas baru yaitu: Fakultas Ekonomi dan Bisnis Islam IAIN Salatiga.
Fakultas Ekonomi dan Bisnis Islam berdiri dengan dasar Peraturan Menteri Agama RI No. 7 Tahun 2015 tentang Organisasi dan Tata Kerja IAIN Salatiga. Selain Program Studi Perbankan Syariah, muncul Program Studi baru pada tahun 2015 yaitu Ekonomi Syariah. Program Studi Ekonomi Syariah berdiri dengan adanya SK Dirjen No. 543 Tahun 2015 tentang ijin operasional program studi. Pada tahun 2016 berdiri pula dua program studi baru yaitu: Akuntansi Syariah dan Manajemen Bisnis Syariah dengan SK Dirjen Pendidikan Islam Kementrian Agama RI No. 1593 Tahun 2017 tentang ijin operasional program studi.